Kota Cirebon terletak di bagian timur Provinsi Jawa Barat dan berada pada jalur utama lintas pantura. Secara geografis Kota Cirebon berada pada posisi 6,41º Lintang Selatan dan 108,33º Bujur Timur pada Pantai Utara Pulau Jawa Bagian Barat. Bentuk wilayah Kota Cirebon memanjang dari Barat ke Timur sekitar 8 kilometer dan dari Utara ke Selatan sekitar 11 kilometer dengan ketinggian dari permukaan laut ±5 meter. Batas-batas wilayah Kota Cirebon adalah sebelah utara dengan Sungai Kedung Pane, sebelah barat dengan Sungai Banjir Kanal/Kabupaten Cirebon, sebelah selatan dengan Sungai Kalijaga, dan sebelah timur dengan Laut Jawa.

Kota Cirebon memilki luas wilayah administrasi sekitar 37,358 km² atau sekitar 3.736 hektar yang terbagi ke dalam lima kecamatan, yaitu Harjamukti, Lemahwungkuk, Pekalipan, Kejaksan dan Kesambi. Harjamukti memiliki luas wilayah yang paling besar mencapai 47,15%, sementara Pekalipan paling kecil hanya mencapai 4,18%.

Wilayah Kota Cirebon merupakan dataran rendah dengan ketinggian bervariasi antara 0-200 meter di atas permukaan laut. Peningkatan ketinggian mulai dari daerah pantai menuju ke arah Selatan dengan ketinggian maksimal 200 meter, yaitu di Kelurahan Argasunya, Kecamatan Harjamukti.

Kondisi tanah di Kota Cirebon berdasarkan data spasial dikelompokan menjasi dua kelompok besar jenis tanah yang didominasi oleh jenis berupa material alluvial endapan quarter (Qa) dengan luas wilayah 2.877,76 Ha dan jenis batuan berupa endapan batuan sedimen pliosen-plistosen dengan luas total 1.061,24 Ha. Jenis tanah yang terbentuk di Kota Cirebon dibagi menjadi 3 (tiga) kelompok yaitu jenis tanah alluvial dengan luas lahan 2.509,27 Ha, tanah latosol dengan luas 322,84 Ha dan jenis tanah grumosol dengan luas lahan 1.106,91 Ha.

Sesuai dengan lokasi wilayah yang berada di tepi laut, Kota Cirebon termasuk daerah bertemperatur udara cukup tinggi dengan suhu udara minimum rata-rata tahun 2017 sebesar 24,13º C dan maksimum rata-rata 31,18º C serta banyaknya curah hujan 2.323,1 mm per tahun dengan hari hujan 87 hari, atau rata-rata 7,25 hari per bulan.

Sumber: Perda No 5 Tahun 2019 tentang Rencana Pembangunan Jangka Menengah Daerah Kota Cirebon 2018-2023